日本的铁路网（包括地面火车及地铁）四通八达，规划得相当完善，安全性闻名世界。一些主要都市的火车和地铁，每隔3至5分钟就有一班车，是非常方便旅客行动的交通工具。
购票方法
票价方面单程最低收费由130日圆至210日圆不等，之后按照距离比例收费，车站的售票机上方都有路线图，大家可以先查看目的地的车费后才购买，购买车票时先把钱币投入售票机后，再按下目的地的所需金额。
进出车站
市区的车站都设有自动闸口，先把车票插入便可前行通过，之后再取回车票即可。如果购买了车费不足的车票，又或者因错过了下车车站等，使车资超出原先车票上限等情况，出闸时可先在补票机（精算机）投入车票，补票机会自动计算不足金额；投入钱币领取补票（精算劵）后，即可连同原先的车票一并放进闸口出闸。 ・诸如新干线等车票背面若是白色的车票，则不可使用自动闸口。必须到有剪票人员的闸口才能通过。
车站指示牌
JR中央线等以橙色为代表般，大都市内的铁路及地铁均有其代表颜色。车站内及月台上的月台指示图都会以该路线的代表颜色作为显示。 ・札幌、东京、大阪等地区的所有地铁路线均有标示其代表英文字母为记号，每个车站也都有编号，方便不谙日语游客查找。
乘车注意
大城市的火车（包括部份地铁）有分为特别快速、急行、通勤快速等各类型的班次，各班次停靠的车站也不相同。乘车前请先参考路线指示图，确认清楚所乘班次是否会停目的地车站。
Suica是一款用于乘车、购物的预付费式电子货币。
有了它，您就无需再到售票机前排队买票，只需将它在检票机上轻轻触碰即可支付车费；有了它，您就可以乘坐JR东日本线、地铁、公共汽车
（请透过"Suica可使用地区"查阅可以利用的交通工具）。
另外，Suica还可以作为电子货币使用。有了它，当您在自动售货机或者列车内购买咖啡时，在报摊上购买报纸时，就不用再为零钱烦恼。Suica是您旅日期间不可或缺的装备，它能让您的旅行更加舒适、更加便捷！
*JR及地下铁都设有“定期票”，分别有1、3、6个月等选择。当然定期票的时间越长，计算起来每程车费越便宜。（另设有学生定期票）
除了铁路外巴士也是一样重要，很多巴士都会连接铁路，有些地点是需要坐巴士去的。东京都23区内的票价为单一票价。
车费方面可投入硬币或纸币，如果只得纸币也不用担心，车上是可以对换的，只要把纸币放入【纸币两替】内，便会自动对换成硬币，当然最方便是使用SUICA。
| 类别 | 成人 | 学生 | 高中生 | 儿童 |
|---|---|---|---|---|
| 普通 | 210日圆 (IC 206日圆) | 210日圆 (IC 206日圆) | 210日圆 (IC 206日圆) | 110日圆 (IC 103日圆) |
| 学校巴士 | 180日圆 (IC 175日圆) | 180日圆 (IC 175日圆) | 180日圆 (IC 175日圆) | 90日圆 (IC 88日圆) |
| 区间巴士(C/H01) | 190日圆 (IC 186日圆) | 190日圆 (IC 186日圆) | 190日圆 (IC 186日圆) | 100日圆 (IC 93日圆) |
| 连接线巴士 | 100日圆 | 100日圆 | 100日圆 | 50日圆 |
在日本最方便的交通工具莫过于JR铁路及其各地铁线。住在东京等较大城市的话，基本上均可以利用JR及地铁到达。如居住的地方和车站有距离的话，可以考虑购买单车代步。在日本，单车是十分普遍的交通工具，不少人亦会用单车代步到最近的车站乘车或到附近购物。当地亦有很多单车停泊场供市民停泊（大多数虽要收取费用），但切记不要随便在街边乱泊，因为有机会被没收喔！